自立活動の指導計画の作成や実際の指導に当たっては、専門の医師及びその他の専門家との連携協力を図り、適切な指導ができるようにする必要があります。連携協力が必要となるのは、専門の医師、理学療法士、作業療法士、言語聴覚士、心理学の専門家などであり、必要に応じて、指導・助言を求めたり、連絡を密にしたりすることが大切です。
特に肢体不自由の場合には、何らかの医療的対応が必要な子どもが多く、股関節脱臼やてんかん発作などにどのように対応していくのか明確にしておく必要があります。
さらに特別支援学校(肢体不自由)の中には、医療施設や病院に隣接・併設している場合があり、学校での自立活動の指導のほかに、医療スタッフによる理学療法等を受けている場合があります。医療施設や病院では、治療や訓練の方針の確認と経過報告を目的に、事例会議を実施しています。このような事例会議に、学校の教師も参加し、学校での子どもの指導目標や行動について情報提供し、また施設や病院での方針や子どもの様子について情報を得ることは、自立活動を効果的に進めていく上で欠かすことのできないものです。
また、単独の特別支援学校の場合でも、子どもが授業終了後に、医療機関で理学療法等を受けていることも少なくありません。その際には、保護者にそこでの様子を教えてもらったり、可能であれば、教師がその医療機関に見学に行くなどして、情報交換を行うことが求められます。 
基本的な事柄として、理学療法士(PT:Physical Therapist)とは、寝返り、起き上がり、立つことや歩くなどといった基本動作を獲得し、実用的な日常生活を促すための理学療法を実施する人です。作業療法士(OT:Occupational Therapist)とは、主体的な活動の獲得を図るため、粗大運動や手指等の諸機能の回復・維持及び開発を促す作業療法を実施する人です。また、言語聴覚士(Speech-Language-Hearing Therapist)とは、言葉によるコミュニケーションに問題がある場合に、困難が少しでも改善し、生活の質が向上することを目指した支援・専門的サービスを実施する人です。言語療法士(ST:Speech Therapist)と呼ばれる場合もあります。